Основні завдання Міжконфесійної ради:
1) консультативно-дорадча діяльність у межах взаємодії із Службами військового капеланства, планування та координація проведення спільних міжконфесійних заходів;
2) опрацювання програм спільної міжконфесійної діяльності з питань забезпечення духовно-релігійних потреб військовослужбовців, працівників НГУ та Держприкордонслужби і членів їхніх сімей;
3) обговорення та вирішення спірних питань міжконфесійної взаємодії, надання керівництву НГУ, Держприкордонслужби та релігійних організацій рекомендацій щодо розв’язання міжконфесійних конфліктів;
4) аналіз (дослідження) проблем в організації Служб військового капеланства і причин їх виникнення та інформування керівництва НГУ і Держприкордонслужби в разі виявлення фактів утиску, дискримінації за ознаками релігійної належності;
5) підготовка пропозицій, рекомендацій щодо вдосконалення нормативно-правового регулювання діяльності Служб військового капеланства, участь в опрацюванні проєктів законодавчих актів та інших нормативно-правових актів з питань забезпечення духовно-релігійних потреб військовослужбовців, працівників НГУ, Держприкордонслужби і членів їхніх сімей;
6) розв’язання питань спільного використання духовних центрів НГУ та Держприкордонслужби;
7) організація та проведення конференцій, семінарів, нарад з питань релігії та духовності, застосування і додержання законодавства про свободу совісті та віросповідання в НГУ та Держприкордонслужбі;
8) опрацювання програм підвищення професійного рівня військових капеланів, сприяння посадовим особам Служб військового капеланства у проведенні спільних міжконфесійних заходів;
9) надання пропозицій щодо організації спільної діяльності з капеланськими структурами іноземних збройних формувань та релігійними організаціями інших країн;
10) опрацювання пропозицій щодо порядку участі військових капеланів у військових ритуалах.