До повноважень центрального органу виконавчої влади з питань аграрної політики в галузі охорони земель належать:
організація розроблення та реалізація загальнодержавних і регіональних програм відтворення родючості ґрунтів;
участь у формуванні та реалізації державної політики з використання та охорони земель сільськогосподарського призначення;
організація розробки в установленому законом порядку стандартів, норм і правил з охорони та підвищення родючості ґрунтів;
проведення моніторингу ґрунтів та агрохімічної паспортизації земель сільськогосподарського призначення;
участь у здійсненні природно-сільськогосподарського, еколого-економічного, протиерозійного та інших видів районування (зонування) земель;
розроблення і впровадження рекомендацій та заходів щодо забезпечення родючості ґрунтів і застосування агрохімікатів;
розроблення механізмів економічного стимулювання впровадження заходів щодо використання та охорони земель і підвищення родючості ґрунтів;
організація та здійснення державного контролю за дотриманням законодавства про пестициди і агрохімікати в сільськогосподарському виробництві відповідно до закону;
вирішення інших питань у галузі охорони родючості ґрунтів відповідно до закону.