Самоврядними науковими організаціями, що мають державну підтримку, є Академія наук України та Українська академія аграрних наук. Кошти на їх діяльність щорічно визначаються в бюджеті.
Керівник наукової установи:
Ці організації залучаються до проведення фундаментальних досліджень, розробки і втілення науково-технічної політики, експертизи важливих наукових та народногосподарських проектів. Держава безкоштовно надає Академії наук України та Українській академії аграрних наук у довічне користування основні та обігові фонди, що використовуються для діяльності, передбаченої їх статутами.
вирішує питання її діяльності відповідно до статутних завдань;
представляє наукову установу в органах державної влади та органах місцевого самоврядування, підприємствах, установах, організаціях усіх форм власності;
відповідає за результати діяльності наукової установи перед власником або уповноваженим ним органом;
в межах своєї компетенції видає накази і розпорядження;
визначає функціональні обов'язки працівників;
призначає частину складу вченої (наукової, науково-технічної, технічної) ради наукової установи;
здійснює інші повноваження, передбачені статутом (положенням) наукової установи.
Керівник наукової установи щорічно звітує перед колективом наукових працівників про свою діяльність.