Структура Національного банку будується за принципом централізації з вертикальним підпорядкуванням.
До системи Національного банку входять центральний апарат, філії (територіальні управління), розрахункові палати, Банкнотно-монетний двір, фабрика банкнотного паперу, Державна скарбниця України, Центральне сховище, спеціалізовані підприємства, банківські навчальні заклади й інші структурні одиниці і підрозділи, необхідні для забезпечення діяльності Національного банку.
Національний банк в межах, визначених законодавством, самостійно вирішує питання організації, створення, ліквідації та реорганізації структурних підрозділів та установ Національного банку, його підприємств, затверджує їх статути та положення.
Для інкасації та охорони цінностей та об'єктів Національний банк має відомчу охорону, озброєну бойовою вогнепальною зброєю.