Фінансування витрат, пов'язаних із створенням, функціонуванням та розвитком Національної системи конфіденційного зв'язку, здійснюється за рахунок коштів Державного бюджету України, що передбачається під час його формування на поточний рік у відповідних розділах окремим рядком, а також за рахунок місцевих бюджетів та інших джерел фінансування, не заборонених законом.