Складовими Національної системи конфіденційного зв’язку є Централізована система міжвідомчого взаємообміну, спеціальні електронні комунікаційні мережі, спеціальні електронні комунікаційні мережі подвійного призначення, спеціальні інформаційно-комунікаційні системи.
Структура Національної системи конфіденційного зв’язку забезпечує відокремлення інформації з обмеженим доступом, крім інформації, що становить державну таємницю, користувачів Національної системи конфіденційного зв’язку з використанням криптографічних та/або технічних засобів.