Для управління і контролю за процесом формування та виконання Національної програми інформатизації, її коригування Кабінет Міністрів України за поданням Генерального державного замовника призначає її керівника.
До основних повноважень керівника Національної програми інформатизації належать:
організація конкурсів проектів інформатизації та їх виконавців;
внесення Генеральному державному замовнику пропозицій щодо:
- формування завдань Національної програми інформатизації на наступні три роки;
- формування програми завдань (робіт) з інформатизації на наступний бюджетний рік;
- подання пропозицій щодо внесення змін до Національної програми інформатизації;
керівництво роботою науково-технічної ради з Національної програми інформатизації;
організація приймання виконаних завдань (робіт) з інформатизації;
організація експертизи окремих завдань (проектів) Національної програми інформатизації та Програми в цілому;
інші повноваження з формування та виконання Національної програми інформатизації.
Керівник Національної програми інформатизації підпорядкований Генеральному державному замовнику і перебуває в його штаті.