Організаційний механізм
На основі визначених Програмою завдань і робіт Мінекобезпеки щорічно забезпечує розроблення та подання заінтересованим міністерствам, іншим центральним органам виконавчої влади та обласним державним адміністраціям переліку найважливіших природоохоронних заходів щодо оздоровлення Дніпра і поліпшення якості питної води.
Мобілізацію і акумулювання на добровільній основі коштів підприємств, установ та організацій, добровільних внесків та інших коштів забезпечує Всеукраїнський державно-громадський благодійний фонд відродження Дніпра відповідно до свого Положення.
Організаційна робота щодо виконання визначених Програмою заходів і робіт покладається на Мінекобезпеки та його місцеві органи з розмежуванням напрямів і видів робіт та джерел фінансування між спеціально уповноваженими державними органами у галузі охорони і раціонального використання відповідних природних ресурсів.
Для скоординованого наукового забезпечення Програми установами і вченими Національної академії наук, Мінекобезпеки, інших міністерств і центральних органів виконавчої влади, фондів, громадських і благодійних організацій засновується багатопрофільний науковий центр екології і сталого розвитку басейну Дніпра.