Контроль за діяльністю Національної депозитарної системи здійснює Національна комісія з цінних паперів та фондового ринку, а також у межах повноважень, визначених законодавством України, - Національний банк України, Міністерство фінансів України та інші державні органи.
Державним представником у Національному депозитарії, депозитаріях, організаторах торгівлі та інших професійних учасниках ринку цінних паперів не може бути відповідно посадова особа органів управління Національного депозитарію, депозитаріїв, організаторів торгівлі та інших професійних учасників ринку цінних паперів. ( Статтю 17 доповнено частиною другою згідно із Законом N 2802-IV ( 2802-15 ) від 06.09.2005 )