1. Голова Національного агентства призначає двох заступників. Кандидати на посади заступників повинні відповідати критеріям, встановленим для Голови Національного агентства.
2. Голова Національного агентства:
1) організовує та контролює роботу Національного агентства, несе персональну відповідальність за прозорість діяльності Національного агентства та результати його роботи;
2) призначає на посади та звільняє з посад службовців Національного агентства у порядку, передбаченому законодавством про державну службу та з урахуванням вимог законів України "Про запобігання корупції" та "Про очищення влади";
3) приймає на роботу та звільняє з роботи у порядку, передбаченому законодавством про працю, працівників Національного агентства;
4) присвоює службовцям Національного агентства ранги державних службовців, вживає заходів до заохочення або притягнення службовців Національного агентства до дисциплінарної відповідальності;
5) затверджує штатний розпис та кошторис Національного агентства;
6) представляє Національне агентство у відносинах із судами, іншими державними органами, підприємствами, установами і організаціями в Україні та за її межами, громадськістю;
7) скликає та проводить наради з питань, що належать до його компетенції;
8) у межах повноважень видає накази та доручення;
9) має право бути присутнім на засіданнях Верховної Ради України, її комітетів, постійних, тимчасових спеціальних та тимчасових слідчих комісій, а також брати участь з правом дорадчого голосу у засіданнях Кабінету Міністрів України, інших державних органів та органів місцевого самоврядування під час розгляду питань, пов’язаних з діяльністю Національного агентства;
10) здійснює інші повноваження відповідно до цього та інших законів.
3. Заступники Голови Національного агентства здійснюють свої повноваження відповідно до розподілу обов’язків, затвердженого Головою Національного агентства, та у разі його відсутності виконують його обов’язки відповідно до наказу Голови Національного агентства.