Контроль за виконанням положень цього Закону здійснюється центральним органом виконавчої влади у сфері охорони здоров'я, Міністерством внутрішніх справ України, митними органами України, іншими органами виконавчої влади в межах їх повноважень, визначених законом, а також спеціально уповноваженим органом виконавчої влади у сфері охорони здоров'я, до повноважень якого віднесено здійснення контролю за обігом наркотичних засобів, психотропних речовин і прекурсорів.
Контроль за виконанням положень цього Закону в системі органів внутрішніх справ України, Служби безпеки України, у Збройних Силах України та інших утворених відповідно до законів України військових формуваннях, в органах і підрозділах цивільного захисту здійснюється відповідними центральними органами виконавчої влади, які згідно із законом здійснюють керівництво відповідними військовими формуваннями та органами.
Органи виконавчої влади в межах своїх повноважень контролюють діяльність підприємств, установ і організацій щодо обігу наркотичних засобів, психотропних речовин і прекурсорів незалежно від їх організаційно-правової форми та форми власності.