Спори з питань користування надрами розглядаються органами державного геологічного контролю, державного гірничого нагляду, охорони навколишнього природного середовища, місцевими Радами народних депутатів, судом, арбітражним судом або третейським судом у порядку, встановленому законодавством України.
Місцеві Ради народних депутатів вирішують спори з питань користування надрами, пов'язані з розробкою родовищ корисних копалин місцевого значення, торфу, прісних підземних вод.
Позивачі - Державний комітет України по геології і використанню надр, Державний комітет України по нагляду за охороною праці, Міністерство охорони навколишнього природного середовища України та їх органи на місцях - звільняються від сплати державного мита у справах про стягнення коштів та відшкодування збитків, завданих державі внаслідок порушень законодавства про надра.
Спори з питань користування надрами, які виникають з іншими державами, а також між іноземними юридичними особами і громадянами та власником надр розглядаються відповідно до законодавства України.