Капітан морського порту призначається на посаду і звільняється з посади центральним органом виконавчої влади, що забезпечує формування та реалізує державну політику у сферах морського і річкового транспорту, за поданням центрального органу виконавчої влади, що забезпечує реалізацію державної політики у сфері безпеки на морському і річковому транспорті. Капітан морського порту підпорядковується керівнику центрального органу виконавчої влади, що забезпечує реалізацію державної політики у сфері безпеки на морському і річковому транспорті.