Експлуатація меліоративних систем повинна забезпечувати оптимальний водний та повітряний режим грунтів, створення умов для високоефективного та екологічно безпечного використання меліорованих земель.
Експлуатація меліоративних систем забезпечується відповідно до проектної документації та відповідних правил, що затверджуються спеціально уповноваженим центральним органом виконавчої влади з питань водного господарства та меліорації земель за погодженням з іншими центральними органами виконавчої влади відповідно до статей 13, 14 і 16 цього Закону.
Виконання у зоні розміщення та функціонування меліоративних систем та окремих об'єктів інженерної інфраструктури, а також на прилеглій території будь-яких робіт, що можуть вплинути на технічний стан і режим експлуатації цих систем та об'єктів інженерної інфраструктури, допускається лише після попереднього погодження проекту виконання цих робіт у порядку, що встановлюється спеціально уповноваженим центральним органом виконавчої влади з питань водного господарства та меліорації земель.
Окремі об'єкти інженерної інфраструктури загальнодержавних і міжгосподарських меліоративних систем можуть використовуватися для потреб, не пов'язаних з меліорацією земель, виключно на підставі проектів реконструкції, технічного переоснащення та вдосконалення цих об'єктів, розроблених і затверджених у порядку, що встановлюється Кабінетом Міністрів України.
Експлуатація загальнодержавних і міжгосподарських меліоративних систем, які перебувають у державній власності, здійснюється підприємствами, установами і організаціями, що належать до сфери управління спеціально уповноваженого центрального органу виконавчої влади з питань водного господарства та меліорації земель.
Експлуатація міжгосподарських меліоративних систем, які перебувають у комунальній власності, а також внутрішньогосподарських меліоративних систем здійснюється власниками цих систем або спеціально утвореними ними підприємствами, установами і організаціями.