Організаційно-правовою основою проведення меліорації земель є науково обгрунтовані загальнодержавні, міждержавні та місцеві (республіканська, обласні, районні, сільські, селищні, міські) програми меліорації земель, а також виробничі програми окремих суб'єктів підприємницької діяльності та господарські договори, укладені відповідно до законодавства.
Визначення пріоритетних напрямів у виборі та проведенні певного виду меліорації земель провадиться залежно від природно-кліматичних особливостей, екологічної ситуації відповідного регіону та наступного сільськогосподарського використання меліорованих земель.
Розроблення і погодження загальнодержавних, міждержавних та місцевих програм меліорації земель здійснюється виходячи з необхідності збереження природних екосистем, передусім тих, що мають міжнародне значення, та на основі аналізу еколого-економічної ефективності меліорації за окремими видами або за комплексом її видів, а у разі проектування створення меліоративних систем - прогнозування екологічних наслідків їх будівництва і функціонування.
Порядок розроблення та погодження загальнодержавних і місцевих програм меліорації земель визначається Кабінетом Міністрів України.
Міждержавні програми меліорації земель розробляються, погоджуються та реалізуються у порядку, встановленому відповідними міжнародними договорами України.