До повноважень спеціально уповноваженого центрального органу виконавчої влади з питань водного господарства та меліорації земель належить:
реалізація державної політики у сфері гідротехнічної меліорації земель, участь у розробленні і виконанні загальнодержавних і міждержавних програм меліорації земель;
розроблення пропозицій до проекту переліку загальнодержавних меліоративних систем;
реалізація єдиної науково-технічної політики у сфері меліорації земель, організація роботи, спрямованої на впровадження у проектування, будівництво (реконструкцію) та експлуатацію меліоративних систем та окремих об'єктів інженерної інфраструктури досягнень науки і техніки, нових технологій і передового досвіду;
координація та нормативно-методичне забезпечення діяльності підприємств, установ та організацій, що належать до сфери його управління, з питань меліорації земель та утримання в належному стані меліоративних систем;
участь у формуванні та розміщенні державного замовлення на проектування, будівництво (реконструкцію) меліоративних систем та окремих об'єктів інженерної інфраструктури;
забезпечення моніторингу зрошуваних та осушуваних земель, проведення інвентаризації та паспортизації загальнодержавних і міжгосподарських меліоративних систем;
видача суб'єктам підприємницької діяльності спеціальних дозволів (ліцензій) на проектування, будівництво (реконструкцію) та експлуатацію меліоративних систем та об'єктів інженерної інфраструктури;
розроблення і затвердження разом з іншими центральними органами виконавчої влади умов експлуатації меліоративних систем у разі приватизації майна сільськогосподарських підприємств, які мають у своєму користуванні меліоровані землі, з метою недопущення порушення технологічної цілісності та процесу функціонування цих систем;
організація здійснення контролю за відповідністю обсягів і якості колекторно-дренажних вод установленим нормативам;
розроблення разом з іншими центральними органами виконавчої влади нормативно-правових і методичних документів з питань меліорації земель;
забезпечення проведення робіт із запобігання пошкодженню та аваріям на гідротехнічних спорудах загальнодержавних і міжгосподарських меліоративних систем, а також з ліквідації наслідків аварій на цих спорудах;
затвердження правил експлуатації меліоративних систем;
встановлення режиму експлуатації загальнодержавних і міжгосподарських меліоративних систем, здійснення контролю за його дотриманням;
проведення галузевої експертизи проектно-кошторисної документації на будівництво (реконструкцію) окремих об'єктів інженерної інфраструктури меліоративних систем;
виконання функцій головного розпорядника коштів державного бюджету, які виділяються для проведення меліорації земель; участь у реалізації інвестиційної політики виходячи з пріоритетних напрямів структурної перебудови економіки, розміщенні державних інвестицій за цільовими програмами, як правило, на договірних засадах;
виконання функцій замовника на проектування і будівництво (реконструкцію) меліоративних систем та окремих об'єктів інженерної інфраструктури, які фінансуються за рахунок коштів державного бюджету;
здійснення державного контролю за меліоративним станом зрошуваних та осушуваних земель, технічним станом меліоративних систем;
організація виконання науково-дослідних та проектно-конструкторських робіт з проблем меліорації земель;
виконання в межах своїх повноважень функції з управління майном державних підприємств, установ та організацій, що займаються проектуванням, будівництвом (реконструкцією) та експлуатацією меліоративних систем, виконанням інших робіт у сфері меліорації земель;
укладання в установленому законодавством порядку відповідних міжнародних договорів у сфері меліорації земель;
здійснення інших повноважень у сфері меліорації земель, визначених законами України.