Територіальну організацію місцевих та апеляційних судів не потрібно жорстко прив'язувати до адміністративно-територіального поділу, а слід визначати, виходячи з об'єктивних критеріїв, спрямовуючи на забезпечення наближеності місцевих і апеляційних судів до людини та водночас незалежності суддів від місцевої влади. Юрисдикцію кожного суду одного рівня доцільно поширити на територію з приблизно однаковою чисельністю населення, місцезнаходження суду необхідно визначати з урахуванням транспортних зв'язків, у найменуванні місцевих та апеляційних судів слід використовувати назву населеного пункту за їх місцезнаходженням.
Оптимальне поєднання критеріїв доступності судів і незалежності суддів породжує необхідність запровадження дворівневої структури місцевих судів.
На першому, найбільш наближеному до людей рівні - район чи місто - діють місцеві суди, які вирішують у першій інстанції цивільні, нескладні кримінальні та адміністративні справи відповідно до спеціалізації суддів. Організація судів не повинна залежати від організації місцевого самоврядування. В разі утворення кількох судів у містах із районним поділом недоцільно прив'язувати юрисдикцію цих судів до території району, оскільки рішення органу місцевого самоврядування про реорганізацію районів змушуватиме змінювати кількість таких судів, навіть за відсутності об'єктивної потреби в цьому. У місті з районним поділом можуть бути утворені дільничні суди з визначенням територіальних меж їх юрисдикції.
Для другого рівня організації місцевих загальних судів слід утворити (шляхом виокремлення з існуючих загальних апеляційних судів) окружні кримінальні суди для розгляду кримінальних справ, які на даний час підсудні апеляційним судам як судам першої інстанції, та інших категорій складних кримінальних справ. У цих судах повинен функціонувати суд присяжних. Реалізація цього підходу забезпечить більш професійне здійснення правосуддя у кримінальних справах внаслідок поглиблення спеціалізації судів, а також позбавить апеляційні загальні суди не властивих їм функцій суду першої інстанції. За таких обставин відпаде потреба в існуванні Апеляційного суду України, що, зокрема, дозволить уникнути значних витрат на конвоювання підсудних, яких тримають під вартою, та витрат, пов'язаних із викликом учасників кримінального судочинства. Утворення окружних кримінальних судів стане першим кроком до створення системи спеціалізованих кримінальних судів.
Місцеві спеціалізовані суди доцільно утворювати в межах області або її частини. Ці суди мають бути здатними забезпечити оперативне, кваліфіковане та неупереджене вирішення у першій інстанції складних справ, зокрема тих, у яких високою є ймовірність тиску на суддів.
Апеляційні суди мають діяти або в межах території однієї області, або в межах частини території однієї області, або в межах території кількох областей - залежно від потреб у кожному виді судочинства.
Кількість посад суддів у місцевих та апеляційних судах доцільно визначати на основі розрахунку середньої кількості судових справ, яка припадає на відповідну територію, поділеної на норматив навантаження на одного суддю. Норматив навантаження має залежати від кількості судових справ, правильному вирішенню яких суддя може приділити достатню увагу.