Спеціалізацію кінологічної команди визначає керівництво митниці Держмитслужби відповідно до специфіки роботи (наявності в зоні діяльності митниці Держмитслужби підрозділів митного оформлення та пунктів пропуску через державний кордон України для авіаційного, залізничного, морського автомобільного та пішого сполучення, а також місць міжнародного поштового обміну), з урахуванням рекомендацій Департаменту.