Спеціальна підготовка кінологічних команд здійснюється в Департаменті за напрямами пошуку прихованих від митного контролю наркотичних засобів, психотропних речовин, прекурсорів, зброї та частин до зброї, набоїв, тютюнових виробів, грошових знаків у вигляді банкнот, бурштину та видів дикої фауни і флори, що перебувають під загрозою зникнення (предмети CITES), тощо.