До компетенції прикордонної державної інспекції з карантину рослин Республіки Крим, прикордонних обласних або обласних і міських інспекцій з карантину рослин належить:
1) видача сертифікатів на насіння, рослини і продукцію рослинного походження, що експортуються, а також що вивозяться із зон особливого карантинного режиму;
2) проведення карантинної перевірки і лабораторної експертизи завезених з-за кордону підкарантинних матеріалів та об'єктів (у тому числі тих, що надходять у багажі, поштових відправленнях і ручній поклажі пасажирів);
3) організація, оздоровлення і знезараження підкарантинних матеріалів та об'єктів, транспортних засобів, що прибувають з-за кордону;
4) державний контроль за проведенням карантинних заходів підприємствами, установами, організаціями та громадянами;
5) організація систематичних і проведення контрольних обстежень сільськогосподарських і лісових угідь, місць зберігання і переробки насіння, рослин і продукції рослинного походження, пунктів ввезення підкарантинних матеріалів та об'єктів, прилеглої до них території;
6) контроль за діяльністю інтродукційно-карантинних розсадників, державних сортодільниць, оранжерей і теплиць, що проводять карантинну перевірку насіння, рослин та садивного матеріалу, завезених з-за кордону;
7) здійснення державного контролю за виробництвом, заготівлею, транспортуванням, зберіганням, переробкою, використанням і реалізацією насіння, рослин і продукції рослинного походження, що експортуються або імпортуються;
8) вжиття відповідно до законодавства термінових заходів для локалізації та ліквідації карантинних об'єктів, запобігання їх поширенню;
9) контроль за проведенням карантинних заходів відповідно до міжнародних угод і конвенцій;
10) пропаганда знань з карантину рослин;
11) внесення до відповідних органів подання про запровадження (зняття) особливого карантинного режиму;
12) залучення до участі в своїй роботі громадських уповноважених з карантину рослин із числа працівників заготівельних, транспортних, переробних та інших підприємств, установ і організацій.