Центральним спеціально уповноваженим державним органом з карантину рослин є Головна державна інспекція з карантину рослин України з Центральною науково-дослідною карантинною лабораторією і Центральним фумігаційним загоном Міністерства сільського господарства і продовольства України.
Іншими спеціальними органами у галузі карантину рослин, підпорядкованими Головній державній інспекції з карантину рослин України, є державна інспекція з карантину рослин Республіки Крим, прикордонні обласні або обласні і міські інспекції з карантину рослин, пункти карантину рослин при морських і річкових портах (на пристанях), на залізничних станціях і в аеропортах (на аеродромах), на підприємствах поштового зв'язку, автомобільних дорогах (автовокзалах, автостанціях), пунктах пропуску на державному кордоні України, лабораторії та обласні фумігаційні загони.
У разі необхідності пункти карантину рослин можуть створюватись і на інших об'єктах, діяльність яких пов'язана із заготівлею, вивезенням, ввезенням, перевезенням і використанням підкарантинних матеріалів та об'єктів.
Організаційна структура і штатна чисельність державної служби з карантину рослин затверджується Міністерством сільського господарства і продовольства України за поданням Головної державної інспекції з карантину рослин України.