Після підтвердження зараження карантинним організмом імпортних і транзитних вантажів з об'єктами регулювання Головна державна інспекція з карантину рослин України зв'язується з іноземною національною організацією захисту рослин країни походження чи реекспорту з метою визначення фітосанітарних заходів щодо цього вантажу.
До вантажів, заражених карантинними організмами, застосовуються всі можливі фітосанітарні процедури, проведення яких дозволить ввезення об'єктів регулювання, за погодженням та за рахунок власника.
Якщо до вантажу неможливо застосувати фітосанітарні процедури, проведення яких дозволить ввезення об'єктів регулювання, Головна державна інспекція з карантину рослин України повідомляє про повернення вантажу іноземну національну організацію захисту рослин країни походження чи реекспорту та власника вантажу.
Якщо природа карантинного організму, яким заражено об'єкт регулювання, не дозволяє відкласти здійснення необхідних фітосанітарних процедур та призведе до неналежного рівня фітосанітарного захисту (тобто існує високий ризик занесення карантинного організму в Україну), вантаж може бути знищено у безпечний спосіб без будь-яких консультацій з іноземною національною організацією захисту рослин країни походження або реекспорту чи з власником вантажу.
Про проведені фітосанітарні процедури Головна державна інспекція з карантину рослин України протягом доби повідомляє власника вантажу, іноземну національну організацію захисту рослин країни походження або реекспорту та у разі потреби країну транзиту.