Фінансування та матеріально-технічне забезпечення органів державної служби з карантину рослин здійснюються за рахунок коштів державного бюджету, а також позабюджетних коштів.
Фінансування наукового забезпечення карантину рослин здійснюється за рахунок коштів Української академії аграрних наук та Міністерства сільського господарства і продовольства України.
Позабюджетними джерелами фінансування державної служби з карантину рослин є:
надходження за інспектування підкарантинних матеріалів та об'єктів від підприємств, установ, організацій та громадян, а також за інші платні послуги згідно з договорами;
частина коштів від сплати штрафів;
інші джерела, що не заборонені законодавством.