Основними завданнями карантину рослин є:
охорона території країни від занесення або самостійного проникнення з-за кордону або з карантинної зони карантинних об'єктів;
своєчасне виявлення, локалізація і ліквідація карантинних об'єктів, а також запобігання їх проникненню в регіони країни, де вони відсутні;
здійснення державного контролю за дотриманням особливого карантинного режиму і проведенням заходів з карантину рослин при вирощуванні, заготівлі, вивезенні, ввезенні, перевезенні, зберіганні, переробці, реалізації та використанні підкарантинних матеріалів та об'єктів.