Організація та здійснення державного контролю з карантину рослин покладається на головних державних інспекторів з карантину рослин, їх заступників і державних інспекторів з карантину рослин.
Головним державним інспектором з карантину рослин України є керівник Головної державної інспекції з карантину рослин України, який призначається і звільняється з посади Міністерством сільського господарства і продовольства України.
Головним державним інспектором з карантину рослин Республіки Крим, області і міста Києва є керівник відповідного органу з карантину рослин, який призначається і звільняється з посади Головним державним інспектором з карантину рослин України.
Головні, провідні спеціалісти та спеціалісти всіх категорій прикордонних обласних, обласної, міської інспекції з карантину рослин, завідуючі прикордонними пунктами з карантину рослин в морських, річкових портах (на пристанях), на відповідних залізничних станціях, в аеропортах, на головпоштамтах або шосейних шляхах за посадою є одночасно державними інспекторами з карантину рослин відповідної території або пункту.