З метою розробки пропозицій щодо розвитку комплексної системи захисту інформації, впровадження вимог з інформаційної безпеки та здійснення контролю за їх виконанням створюється Служба захисту інформації Системи, до складу якої входять адміністратори Системи та адміністратори безпеки Системи, яка призначена для:
1) керування ризиками інформаційної безпеки;
2) формування політик безпеки Системи;
3) формування пропозицій щодо впровадження вимог з інформаційної безпеки;
4) здійснення контролю за виконанням вимог з інформаційної безпеки;
5) керування процесом аналізу інцидентів інформаційної безпеки;
6) керування засобами криптографічного захисту;
7) проведення навчання з питань інформаційної безпеки.
Керування Службою захисту інформації покладено на держателя Системи.
До роботи Служби захисту інформації можуть залучатися фахівці з інформаційної безпеки (адміністратори та адміністратори безпеки) всіх органів, що використовують Систему.