З метою забезпечення керованості та розвитку КСЗІ створюється Комітет інформаційної безпеки Системи (Комітет) - міжвідомча робоча група, призначена для:
1) узгодження між органами, що використовують Систему, спільної позиції щодо функціонування Системи та забезпечення її інформаційної безпеки;
2) прийняття керівних рішень з питань функціонування Системи та забезпечення її інформаційної безпеки;
3) оцінки ефективності впроваджених засобів захисту;
4) прийняття керівних рішень за результатами аналізу виявлених інцидентів інформаційної безпеки, пов'язаних із Системою.
До складу Комітету інформаційної безпеки Системи залучаються представники всіх органів, що використовують Систему.
Відповідно до порядку денного засідань Комітету за необхідності можуть залучатися фахівці за напрямами.
Головування у Комітеті покладено на держателя Системи.