Органами, що використовують Систему, є Національне антикорупційне бюро України, Спеціалізована антикорупційна прокуратура Офісу Генерального прокурора, Офіс Генерального прокурора та Вищий антикорупційний суд.
Органи, що використовують Систему, забезпечують у межах компетенції:
1) розробку та реалізацію процедур управління доступом до Системи користувачів Системи та здійснення контролю за дотриманням таких процедур;
2) підтримання в актуальному стані кваліфікованого сертифіката відкритого ключа, скасування, блокування та поновлення кваліфікованого сертифіката відкритого ключа користувачів Системи;
3) налаштування, технічне обслуговування та фізичний захист складових Системи відповідно до пункту 7 цього Положення, а саме: телекомунікаційної мережі та автоматизованих робочих місць користувачів Системи;
4) дотримання користувачами Системи вимог цього Положення;
5) дотримання вимог з інформаційної безпеки, вжиття необхідних заходів щодо забезпечення захисту інформації, що міститься у Системі, зокрема під час роботи із Системою користувачів Системи;
6) інформування Держателя Системи про виявлені порушення інформаційної безпеки та участь в їх аналізі, формуванні висновків з метою мінімізації негативних наслідків такого порушення та недопущення їх повторення в майбутньому;
7) впровадження рішень міжвідомчих робочих груп, комітетів тощо, спільні рішення стосовно функціонування і розвитку Системи шляхом вжиття організаційних, технічних, навчальних та інших заходів.
Органи, що використовують Систему, призначають адміністраторів Системи та адміністраторів безпеки Системи, на яких покладаються обов'язки, передбачені цим Положенням та технічною документацією комплексної системи захисту інформації для Системи, в межах компетенції органу, що використовує Систему.
Для вирішення питань функціонування та розвитку Системи органи, що використовують Систему, можуть утворювати міжвідомчі робочі групи, комітети тощо, приймати спільні акти та рішення.