У ході підготовки єдиної транспортної системи та функціонування її в особливий період Міністерство транспорту України, підприємства (об'єднання), установи і організації єдиної транспортної системи України взаємодіють з Міністерством оборони України, іншими центральними органами виконавчої влади, штабами оперативних командувань, військовими комісаріатами.
Взаємодія здійснюється шляхом спільного розроблення планових і організаційно-методичних документів, штатів і табелів спеціальних формувань, попереднього узгодження заходів щодо забезпечення сталого функціонування єдиної транспортної системи України в особливий період, мобілізаційних та інших заходів, матеріально-технічного забезпечення, а також відповідних нормативно-правових актів, передбачених законодавством.
Взаємодія з відповідними структурами транспорту інших держав з питань функціонування єдиної транспортної системи України в особливий період здійснюється відповідно до міжнародних договорів України.