Кошти Фонду витрачаються виключно на фінансування заходів щодо ліквідації наслідків Чорнобильської катастрофи та соціального захисту населення, що передбачені законами України "Про статус і соціальний захист громадян, які постраждали внаслідок Чорнобильської катастрофи" ( 796-12 ) і "Про правовий режим території, що зазнала радіоактивного забруднення внаслідок Чорнобильської катастрофи" ( 791а-12 ).
Перелік видатків на здійснення заходів щодо ліквідації наслідків Чорнобильської катастрофи та соціального захисту населення, що фінансуються з Фонду у відповідному році, затверджується Законом України про Державний бюджет України на відповідний рік.
Кошти Фонду витрачаються у порядку, що затверджується Кабінетом Міністрів України.