Розпорядником цих коштів є Міністерство України з питань надзвичайних ситуацій та у справах захисту населення від наслідків Чорнобильської катастрофи. Кошти Фонду витрачаються виключно на фінансування заходів щодо ліквідації наслідків Чорнобильської катастрофи та соціального захисту населення. Заходи, що фінансуються із Фонду, затверджуються законом України про Державний бюджет України на кожний поточний рік.
Забороняється використання цих коштів не за цільовим призначенням, у тому числі на кредитні, депозитні операції, надання позичок та на інші заходи, що не передбачені Законом України "Про статус і соціальний захист громадян, які постраждали внаслідок Чорнобильської катастрофи" ( 796-12 ).