Фонд здійснює перевірки розрахунків та контролює повноту і своєчасність перерахування зборів кожним банком - учасником (тимчасовим учасником) Фонду.
За несвоєчасне або неповне перерахування початкового, регулярного або спеціального зборів банки - учасники (тимчасові учасники) протягом місяця сплачують пеню в розмірі подвійної облікової ставки Національного банку України від розміру неперерахованої суми за кожний день прострочення.
Для виконання своїх повноважень відповідно до цього Закону Фонд здійснює перевірки банків - учасників (тимчасових учасників) Фонду, в тому числі і шляхом залучення незалежних експертів за рахунок коштів Фонду. Фонд має право брати участь у перевірках, які здійснюються Національним банком України, з питань, що належать до компетенції Фонду відповідно до цього Закону.