Встановлення спеціального збору до Фонду здійснюється, якщо поточні доходи Фонду є недостатніми для виконання ним у повному обсязі своїх зобов'язань щодо обслуговування та погашення залучених кредитів, спрямованих на відшкодування коштів вкладникам банків - учасників (тимчасових учасників) Фонду. Рішення про встановлення спеціального збору приймає адміністративна рада за погодженням з Національним банком України.
Внесення спеціального збору банками - учасниками (тимчасовими учасниками) Фонду проводиться у строки та згідно з умовами, встановленими адміністративною радою.
Загальний розмір спеціальних зборів, сплачених банками - учасниками (тимчасовими учасниками) Фонду протягом року (в разі вичерпання фінансових можливостей Фонду для виконання покладених на нього завдань), не повинен перевищувати розміру щорічного регулярного збору з банку - учасника (тимчасового учасника) Фонду.