Джерелами формування коштів Фонду є:
1) початкові збори з банків - учасників Фонду;
2) регулярні збори з банків - учасників (тимчасових учасників) Фонду;
3) спеціальні збори з банків - учасників (тимчасових учасників) Фонду;
4) кошти, внесені Національним банком України в розмірі 20 мільйонів гривень;
5) доходи, одержані від інвестування коштів Фонду в державні цінні папери України;
6) кредити, залучені від Кабінету Міністрів України, Національного банку України, банків та іноземних кредиторів;
7) пеня, яку сплачують банки - учасники (тимчасові учасники) Фонду за несвоєчасне або неповне перерахування зборів до Фонду;
8) доходи від депозитів, розміщених Фондом у Національному банку України.
Фонд є єдиним розпорядником коштів, акумульованих у процесі його діяльності.
Фонд має право придбавати та орендувати майно, необхідне для виконання його функцій, у межах кошторису витрат, затвердженого адміністративною радою і погодженого з Міністерством фінансів України та Національним банком України.
Кошти Фонду не включаються до Державного бюджету України.