Витрати на фінансування фізичного захисту здійснюють:
бюджетні установи та організації - за рахунок коштів на їх утримання;
суб'єкти підприємницької діяльності - за рахунок власних коштів та коштів відповідного бюджету в порядку, встановленому законодавством.
Витрати на фінансування фізичного захисту ядерних матеріалів, які перебувають у державній власності та мають категорію з фізичного захисту (за винятком тих, що використовуються для ядерних енергетичних установок), здійснюються за рахунок державного бюджету.
Витрати на фінансування фізичного захисту здійснюються у пріоритетному порядку. Бюджетні кошти для фінансування фізичного захисту передбачаються окремим рядком у кошторисах на утримання кожної бюджетної установи та організації, що здійснює діяльність з фізичного захисту.
Витрати, передбачені на фінансування фізичного захисту, можуть змінюватися тільки зі зміною категорії ядерного матеріалу, ядерної установки, радіоактивних відходів, інших джерел іонізуючого випромінювання.