Керівництво ФПГ здійснюють Рада директорів ФПГ, до складу якої входять керівники учасників ФПГ, Правління ФПГ, яке утворюється Радою директорів, та інші органи, якщо це передбачено установчими документами ФПГ. Повноваження та порядок діяльності цих органів визначаються установчими документами ФПГ.
Органом ФПГ, який представляє ФПГ у фінансово-господарській діяльності, є головне підприємство - юридична особа, що утворюється учасниками ФПГ. Головним підприємством може бути визначено одного з учасників ФПГ, якщо такий учасник повністю передає все належне йому (закріплене за ним) майно у власність (управління) статутної ФПГ або повністю передає йому право управління своєю фінансово-господарською діяльністю договірній ФПГ.
Головне підприємство статутної ФПГ здійснює: управління загальнодержавним майном (часткою майна) учасників ФПГ, заснованих на загальнодержавній власності; довірче управління іншим майном, переданим учасниками ФПГ; розпорядженням майном, яке є власністю ФПГ.
Головне підприємство договірної ФПГ здійснює:
- довірче управління майном, переданим учасниками ФПГ, якщо це передбачено установчим договором ФПГ;
- управління фінансово-господарською діяльністю ФПГ у межах, обумовлених установчим договором ФПГ.
Головним підприємством ФПГ може бути лише суб'єкт підприємницької діяльності України.
Головне підприємство ФПГ має виключне право на реалізацію кінцевого продукту ФПГ.