Орган, що реєструє, може відмовити в державній реєстрації випуску сертифікатів ФОН виключно з однієї з таких причин:
порушення емітентом вимог цього Закону, у тому числі наявність у представлених документах відомостей, що дозволяють зробити висновок про невідповідність умов випуску й обігу сертифікатів ФОН законодавству України;
невідповідність наданих на державну реєстрацію випуску сертифікатів ФОН документів і складу відомостей, що містяться у них, законодавству України;
внесення до проспекту емісії сертифікатів ФОН або рішення про випуск сертифікатів ФОН недостовірних відомостей;
відмова у видачі дозволу на здійснення емісії сертифікатів ФОН.
У разі відмови у державній реєстрації випуску сертифікатів ФОН орган, що здійснює реєстрацію, зобов'язаний зобов’язаний у письмовій формі повідомити емітента про підстави відмови.
Емітент вправі оскаржити рішення реєструючого органу про відмову у державній реєстрації випуску сертифікатів ФОН у суді.