ФОН припиняє функціонування після закінчення строку, на який він був створений, та після виконання своїх зобов'язань перед власниками сертифікатів відповідно до Правил ФОН.
Функціонування ФОН може бути припинено за рішенням суду в разі порушення управителем чинного законодавства.
У разі припинення функціонування ФОН управитель складає ліквідаційний баланс. У процесі ліквідації ФОН майно, набуте за рахунок ФОН, реалізується за грошові кошти в строки, передбачені Правилами ФОН.
Грошові кошти, отримані від реалізації майна, розподіляються таким чином:
у першу чергу вносяться обов'язкові платежі до Державного бюджету України;
у другу чергу сплачується винагорода управителю;
у третю чергу здійснюються виплати щодо виконання зобов'язань, які виникли внаслідок управління ФОН;
у четверту чергу здійснюються виплати власникам сертифікатів ФОН.
Розподіл грошових коштів здійснюється після повного задоволення вимог попередньої черги.