Функції контролюючого органу здійснює спеціально уповноважений центральний орган виконавчої влади у сфері криптографічного захисту інформації.
Контролюючий орган перевіряє дотримання вимог цього Закону центральним засвідчувальним органом, засвідчувальними центрами та центрами сертифікації ключів.
У разі невиконання або неналежного виконання обов'язків та виявлення порушень вимог, встановлених законодавством для центру сертифікації ключів, засвідчувального центру, контролюючий орган дає розпорядження центральному засвідчувальному органу про негайне вжиття заходів, передбачених законом.