Фінансування проведення екологічного аудиту забезпечується його замовником на умовах і в порядку, які визначаються договором на проведення екологічного аудиту.
Фінансування обов’язкового екологічного аудиту може здійснюватися за рахунок коштів Державного бюджету України або місцевих бюджетів.