Закон гарантує незалежність екологічного аудитора шляхом:
регулювання його діяльності законом, а також договором, що укладається відповідно до цього Закону;
заборони впливу на екологічного аудитора з метою примушування його до зміни форми і методів його роботи та висновків екологічного аудиту;
забезпечення конфіденційності проведення екологічного аудиту;
захисту порушених прав екологічного аудитора в установленому законом порядку.