Екологічний аудит поділяється на внутрішній та зовнішній.
Внутрішній екологічний аудит об'єкта проводиться на замовлення його власника чи органу, уповноваженого на управління ним, для власних потреб.
Зовнішній екологічний аудит проводиться на замовлення інших заінтересованих суб'єктів.