До повноважень Кабінету Міністрів України у сфері формування, збереження та використання екомережі належать:
а) забезпечення реалізації державної політики у сфері формування, збереження та використання екомережі;
б) забезпечення розроблення Зведеної схеми формування екомережі України, виконання Загальнодержавної програми формування національної екомережі України на 2000-2015 роки;
в) спрямування і координація роботи міністерств, інших центральних органів виконавчої влади у сфері формування, збереження та використання екомережі;
г) вирішення відповідно до закону питань щодо надання фінансової та іншої підтримки власникам та користувачам земельних ділянок, включених до переліків територій та об’єктів екомережі;
ґ) здійснення інших повноважень відповідно до закону.