До повноважень спеціально уповноваженого центрального органу виконавчої влади з питань влади, що реалізує державну політику у сфері охорони навколишнього природного середовища, екологічної безпеки, заповідної справи, а також гідрометеорологічної діяльності у сфері формування, збереження та використання екомережі належать:
а) внесення пропозицій щодо формування державної політики у цій сфері;
б) забезпечення розвитку відповідних наукових досліджень та їх координація разом з Національною академією наук України;
в) організація розроблення та затвердження науково-методичних документів щодо проектування екомережі;
г) виконання функцій державного замовника розроблення Зведеної схеми формування екомережі України;
ґ) внесення у встановленому порядку пропозицій щодо фінансування за рахунок коштів Державного бюджету України заходів, направлених на формування та збереження екомережі;
д) координація діяльності центральних і місцевих органів виконавчої влади та органів місцевого самоврядування у сфері формування, збереження та раціонального використання екомережі;
е) здійснення державного контролю за формуванням, збереженням та використанням екомережі, розробленням та виконанням регіональних і місцевих схем екомережі;
{ Пункт "е" статті 10 виключено на підставі Закону N 5456-VI ( 5456-17 ) від 16.10.2012 }
є) здійснення міжнародного співробітництва у сфері формування, збереження та використання екомережі України.