Фінансування державної екологічної експертизи здійснюється її замовником.
Державні екологічні експертизи об'єктів, що реалізуються за рахунок державних капіталовкладень, фінансуються за рахунок державного бюджету.
Фінансування державної екологічної експертизи екологічних ситуацій та екологічно небезпечних діючих об'єктів і комплексів, що проводиться за рішенням Кабінету Міністрів України, Ради міністрів Автономної Республіки Крим, місцевих виконавчих комітетів сільських, селищних, міських рад, здійснюється відповідно за рахунок коштів державного бюджету, місцевих бюджетів, а також відповідних позабюджетних фондів охорони навколишнього природного середовища.
Кошти на проведення державної екологічної експертизи об'єктів, які фінансуються за рахунок її замовників чи державних капіталовкладень, виділяються в межах лімітів проектно-кошторисної документації згідно з нормативами, що встановлюються Кабінетом Міністрів України.