Державна екологічна експертиза проводиться шляхом:
1) аналізу і оцінки об'єктів екологічної експертизи - групами спеціалістів еколого-експертних підрозділів чи спеціалізованих установ і організацій органів Міністерства охорони навколишнього природного середовища та ядерної безпеки України, Міністерства охорони здоров'я України;
2) еколого-експертних досліджень і оцінки об'єктів екологічної експертизи - спеціально створюваними комісіями із залученням фахівців - практиків та науковців інших підприємств, установ і організацій;
3) створення Міністерством охорони навколишнього природного середовища та ядерної безпеки України спільно з іншими органами державної виконавчої влади міжгалузевих експертних комісій;
4) залучення на договірних засадах інших спеціалізованих організацій для попереднього експертного розгляду та підготовки відповідних пропозицій.