Управління в галузі екологічної експертизи здійснюють Кабінет Міністрів України, Рада міністрів Автономної Республіки Крим, місцеві ради, місцеві органи виконавчої влади, центральний орган виконавчої влади, що забезпечує формування державної політики у сфері охорони навколишнього природного середовища, центральний орган виконавчої влади, що реалізує державну політику у сфері охорони навколишнього природного середовища, інші органи виконавчої влади відповідно до законодавства.