Державна екологічна експертиза організується і проводиться еколого-експертними підрозділами, спеціалізованими установами, організаціями або спеціально створюваними комісіями спеціально уповноваженого центрального органу виконавчої влади з питань екології та природних ресурсів, його органів на місцях із залученням інших органів державної виконавчої влади. Державна екологічна експертиза інвестиційних програм і проектів будівництва здійснюється згідно із статтями 8 та 15 Закону України "Про інвестиційну діяльність" ( 1560-12 ). { Частина перша статті 13 із змінами, внесеними згідно із Законом Законами N 1642-III ( 1642-14 ) від 06.04.2000 06.04.2000, N 1026-V ( 1026-16 ) від 16.05.2007 }
До проведення державної екологічної експертизи можуть у встановленому порядку залучатися фахівці інших установ, організацій і підприємств, а також експерти міжнародних організацій.
Здійснення державної екологічної експертизи є обов'язковим для видів діяльності та об'єктів, що становлять підвищену екологічну небезпеку. Перелік видів діяльності та об'єктів, що становлять підвищену екологічну небезпеку, встановлюється Кабінетом Міністрів України за поданням спеціально уповноваженого центрального органу виконавчої влади з питань екології та природних ресурсів і спеціально уповноваженого центрального органу виконавчої влади з питань охорони здоров'я.
Проведення додаткових державних екологічних експертиз здійснюється за ініціативою заінтересованих осіб на підставі договору про надання еколого-експертних послуг або за рішенням Кабінету Міністрів України, Уряду Автономної Республіки Крим, місцевих Рад чи їх виконавчих комітетів.