З метою забезпечення високого рівня службової дисципліни керівник митного органу зобов'язаний:
1) створювати умови для виконання підлеглими йому посадовими особами митної служби своїх службових обов'язків, підвищення ними рівня кваліфікації та вимагати від цих осіб належного виконання своїх службових обов'язків;
2) здійснювати контроль за виконанням службових обов'язків підлеглими йому посадовими особами;
3) під час виконання службових обов'язків керуватися державними інтересами, суворо додержуватися і забезпечувати виконання законів, чітко віддавати підлеглим розпорядження та формулювати накази, перевіряти точність і своєчасність їх виконання;
4) забезпечувати виконання підлеглими йому посадовими особами митної служби своїх службових обов'язків, у тому числі шляхом застосування до них заходів заохочення або дисциплінарних стягнень та інших заходів виховного впливу у випадках, передбачених законом;
5) забезпечувати гласність та об'єктивність під час оцінки службової діяльності підлеглих посадових осіб, присвоєння їм чергового звання або призначення на більш високу посаду;
6) показувати підлеглим приклад зразкового виконання службових обов'язків і гідної поведінки на службі;
7) належним чином організовувати роботу підлеглих йому посадових осіб митної служби, вживати заходів для додержання ними професійної етики, забезпечувати ефективне виконання завдань, що поставлені перед митним органом;
8) виховувати в підлеглих посадових осіб сумлінне ставлення до служби, бережливе ставлення до державного, комунального та приватного майна, підтримувати їх ініціативу, вживати заходів щодо скорочення втрат робочого часу та зменшення плинності кадрів;
9) забезпечувати додержання підлеглими йому посадовими особами режиму секретності, нерозголошення конфіденційної інформації, що є власністю держави, фізичних та юридичних осіб, іншої таємниці, охоронюваної законом, збереження бланків суворої звітності, зброї та спеціальних засобів, митного забезпечення, а також предметів і валютних цінностей, затриманих під час здійснення митного контролю;
10) організовувати проведення профілактичних заходів з підлеглими йому посадовими особами щодо запобігання вчиненню ними дисциплінарних правопорушень, виявляти та своєчасно припиняти такі правопорушення.
Керівник митного органу може мати інші обов'язки, передбачені законами та іншими нормативно-правовими актами України.