Заявникові може бути відмовлено у видачі ліцензії органом державного регулювання ядерної та радіаційної безпеки на підставі результатів проведеного інспекційного обстеження та висновків державних експертиз у разі:
відсутності чи недостатності документів, що підтверджують відповідність безпеки ядерної установки або сховища для захоронення радіоактивних відходів, фінансових, матеріальних, інших ресурсів, організаційної структури та персоналу заявника встановленим вимогам;
наявності в документах, поданих заявником, недостовірної або перекрученої інформації.
Відмова у видачі ліцензії може бути оскаржена заявником до суду.